Например?
в Knights of the Old Republic довольно неплохо реализовано, почти любой побочный квест можно по разному выполнить. разве что с главным квестом не совсем логично, но во второй части уже попытались разработчики уже немного разрулить эту проблему, правда там вся игра довольно фейловая вышла. Neverwinter Nights 2 тож норм, особенно в аддоне Mask of the Betrayer
ну а в целом да, обычно с этим большие проблемы. зачастую "злой" вариант прохождения даже не предусматривается, а если предусматривается, то делается на отъ**ись.
зы. кстати еще древняя игрушка enclave вспомнилась. но там сторона выбиралась изначально, и переходов по ходу дела не предусматривалось в принципе.