Город Москва - такой же субъект Федерации, как и какая-нибудь Астраханская область. От того, что глава региона называется мэром, главой региона он быть не перестаёт. Полномочия у него именно что губернаторские.
У мэра Москвы полномочия главы региона, а не "губернаторские". От того, что где-то глава региона называется губернатором, мэр Москвы губернатором не становится.