Исходя из задачи я не вижу тут оснований для возбуждения уголовного дела.
1) Найден труп со следами гнилостных изменений. Причина смерти - асфиксия от утопления. На доступных к осмотру мягких тканях (то, что не успело сгнить) и костях следов насилия не обнаружено. (если бы его убивали ножом или топором - могли остаться следы порезов/разрубов/переломов на костях или характерные щелевидные отверстия на коже).
То есть никаких объективных данных, указывающих на насилие нет.
2) Проверяются свидетели - знакомые, родители, друзья... Никто ничего о смерти не знает, никаких подозрений нет.
3) Проверяются мотивы (если бы у него пропала крупная сумма, или квартира была бы отписана непонятно кому перед смертью) - мотивов нет.
Итого - труп есть, оснований полагать, что его убили - нет.
Если в будущем появятся основания (кто-то кому-то расскажет, как убил потерпевшего) - материал поднимут из архива и возбудят дело.
По поводу пропавших ключей и документов - тут вообще непонятно, была ли пропажа (никто не может толком сказать, когда пропали вещи, был ли еще жив потерпевший), неизвестен круг доступа (мог ли кто-то взять по поручению потерпевшего), да и вообще, неизвестно реально там хранились документы, или сам потерпевший их оттуда убрал. Что касается отсутствия ключей на трупе - расскажу такую историю.
В конце 90-хх в озере у нас нашли труп бандита, которого задушили и туда выбросили. Нашли его спустя 5 дней после смерти. По оперативным данным у него с собой на момент утопления был пистолет, из которого убили нескольких человек. Короче - этот пистолет был очень нужен следствию.
Привлекали команду водолазов, донный металлоискатель, искали 6 дней. Нашли. А квадрат поиска был всего-то 100 на 100 метров. Так что то, что у утопленника не нашли ключей вопросов не вызывает, выпали на дне а там их найти очень непросто.