У нас в семье у девочек мамина фамилия, а у мальчиков папина. У мамы сейчас и уже очень много лет при этом вообще другая фамилия, она во втором браке взяла фамилию мужа, а потом обросла горой медицинских, рабочих, банковских и прочих нотариально заверенных и юридически важных документов и по этой причине даже после развода менять её обратно не стала.
Ну может пару раз удивлялись как так, что вот записывается куда-то мама с двумя разнополыми детьми и у всех троих при этом разные фамилии, но каких-то основательных проблем, с этим связанных, я не припоминаю.