Неужели я такой старый? На моей памяти вирусы записывалсь во всё, во что только можно было. Всякие autorun.inf в корне диска, псевдо-папки и псевдо-файлы, дозапись в докумены и прочие файлы...
Вирусня это ж экзешники, они прописываются сразу в папки к другим исполняемым файлам. А как он тебе навредит из папки, где одно видео? Видео ж не исполняемый файл.
Два раздела, в идеале - физически раздельные харды. И хороший антивирь, да.