Судебно-медицинская экспертиза выявляет характер повреждений (внутри тоже исследуют - потертости слизистой, разрывы), биоматериал насильника, внешние следы - ссадины, следы от ногтей, синяки. Беседует психолог, допрашивают, в том числе свидетелей, сводят данные, осматривают место преступления.
Если бы все различия, которые были, сводились к травмам, то преступники бы в меду катались.