Да не в ЕГЭ проблема! ЕГЭ - это метод оценки знаний, со своими плюсами, со своими минусами.
Как мне кажется, основная причина снижения грамотности и у школьников, и у взрослых людей - это снижение качества письменной информации. Раньше 99% письменного контента генерировали образованные люди: писатели, журналисты + у них были редакторы, которые дополнительно вылавливали ошибки. Сейчас же каждый бухарик Вася может выйти в интернет и написать "я тваю мамку ипал". Да, такие грубые ошибки мозг заметит (и то, мозг взрослого человека, а не ребенка, потому что взрослый уже точно знает как правильно), то более сложные случаи неправильного написания просто откладываются на подкорку. Раз ты увидишь неправильно написанное слово, не заметишь его, смысл-то понятен, второй раз, третий, десятый. И всё, у тебя вытесняется правильное написание, ты сам начинаешь делать ошибки, если пишешь не задумываясь, не вспоминая правила. А с детьми ещё сложнее, они выходят в интернет в 1-3 классах, видят эти неправильные слова, когда им ещё не привили правильное написание, и принимают сразу на веру. И потом очень сложно это вытравить.