Ну во-первых вся зп рассчитывается по табелю рабочего времени и приказам по личному составу. Приказы делает отдел кадров, бухгалтер считает согласно тех документов, которые у него есть. Он может ошибиться, но и обязан в таком случае пересчитать. А вот если нет приказа или нет данных в табеле, то и спроса с бухгалтера быть не может.
Во-вторых, в бюджетных организация выделяется строго определенно количество денег на зп. Т.е. если выделили 1кк на зп, то именно 1кк и должен быть потрачен, иначе остатки денег заберут в доход бюджета. Обычно экономия этих денег выдается в виде премий. Экономия кстати обычно получается не из-за недоплат, а из-за больничных, без содержания и
т.д.
В-третьих, контролирующие органы довольно часто проверяют такой показатель как процент выплат персоналу. К примеру, 50% от ляма основному, 30 % вспомогательному, 20 % руководящему.
Контролируют в основном контрольно-счетная комиссия, и раз в несколько лет контрольно-счетная палата.
Конечно, я не сомневаюсь, есть варианты при которых из оплаты труда работников деньги утекают начальству, но вот что везде и поголовно это просто сделать, не верю.
Работаю 10 лет в бюджете, 3 места работы, в том числе бухгалтером.